Решением Министра обороны СССР Д.Т.Язова 14 января 1991 года в Закавказском военном округе было создано уникальное подразделение, не имеющих аналогов в Вооруженных силах СССР и России, - сводный отдельный отряд специального назначения, получивший название «Летучая мышь». Его целевая задача была уничтожение незаконных вооруженных формирований, действующих в то время на территории трех республик - Грузии, Армении и Азербайджана.
За 5 лет боевой работы отряд разгромил не менее шести многочисленных вооруженных банд, предотвратил нападения на 8 воинских частей, освободил заложников из числа руководства зенитно-ракетной бригады, предотвратил захват 2-х окружных складов (вооружения и ГСМ), обеспечил ввод миротворцев в Цхинвали, предотвратил подрыв стратегического 3-километрового туннеля, обеспечил защиту и проводку более 40 военных колонн, численностью от 20 до 76 машин, предотвратил два государственных переворота в Грузии и провел множество других успешных специальных операций.
За пять лет боевой работы «Летучие мыши» заработали такой «авторитет» у боевиков, что зачастую, узнав о прибытии спецназовцев на боевые позиции, бандиты просто оставляли захваченные рубежи и в спешке уходили.
5 июля 1996 года, в связи с решением о выводе Российских войск из Грузии отряд был расформирован, а личный состав распределен по частям и соединениям специального назначения ГРУ ГШ ВС РФ.
Последним командиром отряда спецназа «Летучая мышь» был выпускник Московского суворовского военного училища.
